菏泽市牡丹区图书馆馆舍面积2115平方米，藏书总量达177956册（件），数字资源总量为3.95TB。设有全国文化信息资源共享工程牡丹区支中心、尼山书院、外借部、报刊部、少儿部、采编辅导部、读者自助区七个分支机构，包括办公室、采编辅导部、普通图书外借部、过刊外借部、少儿借阅部、报刊阅览室、国学经典阅览室、盲文阅览室、公共电子阅览室、中控室、国学讲堂、少儿活动中心、陈列中心、鲁西南民间艺术品陈列室、资源加工室、传统文化体验区、数字资源借阅区和馆藏文献目录查询区等18个对外服务窗口和项目。拥有阅览座席340个，计算机52台，100Mbps宽带接入，馆内实现了WLAN全覆盖。